De acuerdo con historiadores, en 1531, durante la fundación de Puebla, comenzaron a construirse varios lugares que aprovecharon el caudal del río Almoloya después llamado de San Francisco para diversas actividades.
En esa época, las principales zonas de la ciudad contaban con el abastecimiento natural de ríos que descendían del Iztaccíhuatl, Popocatépetl y la Malinche, que llegaban a través de los ríos de San Francisco, Atoyac y Alseseca.
Asimismo la corriente del río San Francisco llegaba de la Malinche y bajaba por el actual bulevar 5 de mayo, surtiendo agua al norte y centro de la ciudad.
Debido a numerosas inundaciones que se suscitaron en esa época, en el año de 1946 el gobierno propuso entubar el río, pero no se pudo hacer por falta de recursos.
En el XX, debido al crecimiento del estado, el río San Francisco se convirtió en el desagüe de industrias, zonas habitacionales y comercios, convirtiendo sus aguas en un verdadero foco de infección.
A finales de los sesenta fue entubado y casi desecado por la construcción del bulevar 5 de mayo para integrarlo a sistemas urbanos.
Así, en 1975 nació el Bulevar Héroes del 5 de Mayo, sepultando al río San Francisco al olvido, al menos de manera temporal.
A pesar de su embovedamiento, el río de San Francisco sigue presente, ya que de aquel río que atravesaba la ciudad de norte a sur solo queda un desagüe de drenaje ubicado en la avenida 53 Poniente y Circuito Juan Pablo II.
Es por eso que surgió el “Movimiento ciudadano para revivir el río San Francisco Almoloya en Puebla”.
Este grupo se ha encargado de limpiar constantemente las aguas contaminadas de San Francisco, hasta cumplir su objetivo de desentubar el río y que vuelva a ser como antes.