La antigua penitenciaria de San Javier, ubicada en la avenida Reforma número 1035 en el Centro Histórico de Puebla, es una de las construcciones más colosales y antiguas de la ciudad. Conocida por su imponente estructura y su historia, este recinto alberga una de las leyendas más populares de Puebla, pues se dice que el alma de cientos de criminales aún ronda en este histórico edificio, pues se hacían experimentos con ellos.
Originalmente, el edificio fue concebido como el Colegio de San Francisco Javier, la última gran construcción realizada por los Jesuitas en Puebla antes de su expulsión en el siglo XVII.
Los Jesuitas, que desempeñaron un papel crucial en la educación de los indígenas y la formación de generaciones en Puebla, vieron en este espacio una importante sede educativa.
Después de la expulsión de los Jesuitas, el lugar se convirtió en un panteón para las víctimas de una epidemia de cólera en 1812 y 1813. En 1840, la penitenciaria fue establecida en el edificio, que casi fue destruido por los franceses en 1863 durante la intervención francesa en México. A pesar del daño causado por las balas, las huellas de esos eventos aún permanecen en las paredes del recinto.
En 1864, un sismo agravó los daños en la estructura, que ya había sido afectada por la batalla. Después de la reconstrucción y un día antes de que Porfirio Díaz aboliera la pena de muerte en México, la prisión fue finalmente inaugurada el 2 de abril de 1891, siguiendo los diseños de Eduardo Tamariz y Juan de Calva y Zamudio, inspirados en los centros penitenciarios emergentes en Estados Unidos.
La Ex Penitenciaría acogía tanto a hombres como a mujeres, quienes estaban distribuidos en distintas secciones. Contaba con cerca de quinientas celdas, organizadas en 36 pabellones.
Durante el régimen de Porfirio Díaz, la penitenciaria de San Javier fue utilizada para experimentar con reos. La administración de Díaz permitió que científicos y médicos llevaran a cabo investigaciones basadas en los métodos europeos de identificación criminal.
Según el "Breve estudio de los delincuentes de la penitenciaría de Puebla", publicado en la Revista Interdisciplinaria del INAH (2019), se realizaron estudios en al menos 800 reos que contribuyeron a avances en la antropología física forense.
El criminólogo francés Alphonse Bertillon y el médico italiano César Lombroso, conocidos por sus contribuciones a la identificación criminal y la criminología, se beneficiaron de estos estudios.
La práctica del método Bertillon consistía en la medición de los huesos del cuerpo para identificar a los delincuentes.
Fue hasta 1984 que la hoy ex penitenciaría estuvo funcionando. Luego de que se hiciera una consulta ciudadana, se tomó la decisión de reubicar a los reos en el penal de San Miguel.
Un año después, el edificio comenzó a funcionar como el Instituto Cultural Poblano, donde se ofrecían cursos y talleres artísticos. Posteriormente, se convirtió en el archivo municipal, conservando documentos históricos importantes, como las actas de nacimiento de los hermanos Serdán.
Bajo la administración del ex gobernador Rafael Moreno Valle, el lugar inició una nueva etapa como Centro Integral de Servicios (CIS). Esta decisión se tomó para aprovechar que el inmueble pertenece al gobierno y evitar los costos de alquiler en otro lugar.