El Pocito de los Deseos forma parte del santuario de la Virgen de los Remedios, este se encuentra del lado oriente de la Gran Pirámide, donde hay también unas escaleras para subir al templo.
El pozo está cubierto por una cúpula de color amarillo y en una de sus paredes se puede apreciar una oración grabada.
Existen varias leyendas en torno a este lugar, una de ellas asegura que el agua de este pozo tiene propiedades curativas y el cumplimiento de deseos si se bebe.
La historia cuenta que cuando inició la construcción del Templo de la Virgen de los Remedios, se encontró un manantial de agua dulce a uno de los costados del cerro, los encargados decidieron hacer un pozo para poder extraer el líquido.
Conforme pasó el tiempo, los lugareños se dieron cuenta de que el agua tenía poderes misteriosos para quienes la consumían, al ver que el "agua milagrosa" curaba enfermedades o cumplía plegarías al tomarla o bañarse en ella, decidieron construir una capilla para poder proteger el pozo. Los poderes del agua se le atribuyeron a la Virgen de los Remedios, por lo cual la mayoría de adornos en el interior son dedicados a ella.
Hoy se puede visitar el pocito y beber el agua, no se sabe si realmente proviene del pozo, pero los creyentes que resguardan el lugar lo afirman. Se dice que cumple cualquier plegaría o ayuda en alguna enfermedad, para esto debes beber y después rezar una oración.
Esta advocación cristiana se adapta a las épocas en las que el clero regular y secular siempre relacionaba las apariciones de la virgen con el agua santa. Para llegar al Pocito de los Deseos tendrás que caminar por detrás del cerro, antes de llegar al acceso para la zona arqueológica encontrarás las escaleras para subir.
Pero a causa de las lluvias, sus escalinatas sufrieron daños importantes en 2017 y hasta la fecha, no han sido reparadas en su totalidad.