Dentro de la organización de la iglesia católica destaca la justicia eclesiástica que en Puebla cuenta con un tribunal.
De acuerdo con el sitio de la Arquidiócesis poblana, la iglesia juzga con derecho propio y exclusivo las causas que se refieren a las cosas espirituales, las violaciones a las leyes eclesiásticas y todo que contenga razón de pecado.
En esta justicia se tienen previstas la determinación de las culpas y la imposición de penas que se basan en el Código de Derecho Canónico.
El portal de la Arquidiócesis de Mexico es más claro en cuanto a los asuntos que se resuelven en este tipo de tribunales y ahonda en los procesos penales.
En ellos incluyen investigaciones previas y procesos judiciales o administrativos para determinar si hubo una violación grave a los bienes jurídicos tutelados.
Desde esta perspectiva, en principio se consideran los procesos en los cuales el acusado es un clérigo y que eventualmente pueda tratarse de un laico.
Según la Arquidiócesis se incluyen la investigación de posibles delitos cometidos contra el sexto mandamiento, el sigilo sacramental, la dignidad de la Eucaristía, entre otros.
En esta organización se prevé que el juez de primera instancia es el obispo de Puebla y que la estructura del Tribunal Eclesiástico le ayude en su misión.
Además de este juez de primera instancia que recae en el obispo, hay también una lista de cargos que se consideran dentro de un tribunal como el existente en la entidad.
En la Primera Instancia, por ejemplo se incluye a un Vicario Judicial, un Defensor del Vínculo, un Juez Instructor, un Juez de Turno y una Notaría Actuaria.
Mientras que en la Segunda Instancia se consideran también a un Vicario Judicial, un Vicario Judicial Adjunto, un Defensor del Vínculo y un Juez de Turno.