Históricamente, el río Atoyac ha registrado varios desbordamientos que han impactado de diferentes maneras a la población. Se ha desbordado tanto en San Martín Texmelucan como en la ciudad de Puebla y otros municipios.
Esto pone de relieve lo impredecibles que son los fenómenos naturales y la fuerza de la naturaleza. En paralelo, quienes viven en las inmediaciones del Atoyac durante la temporada de lluvias se mantienen en alerta.
El 1 de septiembre de 2023, el río Atoyac alcanzó un nivel crítico, se desbordó y provocó el cierre de la entrada a la 11 Sur y la zona de Lomas de Angelópolis. Las autoridades del municipio de Ocoyucan tuvieron que tomar medidas emergentes para auxiliar a la población.
En junio de 1981, una tormenta afectó el patrimonio de 60 familias que vivían a las orillas del río Atoyac, en la comunidad de San Lucas Atoyatenco, San Martín Texmelucan. A las 20:00 horas, el desbordamiento del río obligó a los habitantes de la colonia La Joya a desalojar sus viviendas.
El 24 de junio de 2012, también en San Martín Texmelucan, el río Atoyac se desbordó; un total de 62 personas fueron trasladadas a albergues. 12 casas presentaron daños mayores por la inundación, 15 tuvieron daños menores y una casa fue considerada pérdida total. En esa ocasión, las colonias más perjudicadas fueron Solidaridad, El Hoyo y San Lucas Atoyatenco.
En septiembre de 2020, una intensa lluvia ocasionó que el río Atoyac se desbordara y afectara a 12 familias en San Martín Texmelucan. Se registró un incremento en el nivel del afluente debido al rompimiento de un canal en la zona del cerro Totolqueme.
En junio de 2021, el río Atoyac se desbordó en la colonia Reforma Sur, a la altura del Puente de México. Hubo inundaciones de más de 50 centímetros a un metro, afectando aproximadamente a 50 viviendas de la zona. Los residentes advirtieron que el desbordamiento del río los sorprendió, ya que la alarma instalada a un costado del río no funcionó y no contaban con alumbrado, lo que agravó la inundación.
Estos son solo algunos casos que permiten apreciar el inminente riesgo de desbordamiento del río Atoyac durante la temporada de lluvias.