Puebla cuenta con más de un Área Natural Protegida, pues en el estado se encuentran cuatro parques nacionales, dos reservas de la biósfera y un área de protección de recursos naturales.
De acuerdo con el registro de la Secretaría del Medio Ambiente y Recursos Naturales (Semarnat) las Áreas Naturales Protegidas decretadas en territorio poblano, son:
Parque Nacional Cañón del Río Blanco, con decreto inicial del año 1938, se ubica entre Veracruz y Puebla. Cuenta con los siguientes ecosistemas: selva mediana perennifolia, bosque de pino y bosque mesófilo de montaña.
Parque Nacional Iztaccíhuatl-Popocatépetl, con decreto inicial del año 1935, se ubica entre los estados de México, Puebla y Morelos. Cuenta con los siguientes ecosistemas: bosque de pino y páramo de altura y zacatonal.
Parque Nacional La Malinche o Matlalcuéyatl, con decreto inicial del año 1938, se ubica entre los estados de Tlaxcala y Puebla. Cuenta con los siguientes ecosistemas: bosque de pino-encino, oyamel y zacatonal.
Parque Nacional Pico de Orizaba, con decreto inicial del año 1937, e ubica entre los estados de Veracruz y Puebla. Cuenta con los siguientes ecosistemas: bosque de pino, oyamel, encino, pastizal y páramo de altura.
Reserva de la Biósfera Sierra de Huautla, con decreto inicial del año 1999, se ubica entre los estados de Morelos, Puebla y Guerrero. Cuenta con los siguientes ecosistemas: selva subhúmeda caducifolia.
Reserva de la Biósfera Tehuacán-Cuicatlán, con decreto inicial del año 1998, se ubica entre los estados de Puebla y Oaxaca. Cuenta con los siguientes ecosistemas: bosque tropical caducifolio, bosque espinoso, bosque de encino, pastizal y matorral xerófilo.
La Cuenca Hidrográfica Río Necaxa, con decreto inicial del año 1938. Se ubica entre los estados de Hidalgo y Puebla. Cuenta con los siguientes ecosistemas: bosque de coníferas, bosque mesófilo de montaña y vegetación inducida.