La Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP) cuenta con una Dirección de Museos Universitarios que fue creada en enero de 2018.
La Dirección de Museos institucionalmente pertenece a la Vicerrectoría de Extensión y Difusión de la Cultura y está conformada por el Museo Universitario Casa de los Muñecos y el Museo de la Memoria Histórica Universitaria.
Su directora es la maestra María Elsa Hernández Martínez.
El Museo Universitario Casa de los Muñecos es un espacio arquitectónico que data de finales del siglo XVIII. La casa fue adquirida en 1984 por la BUAP y tras su restauración abrió sus puertas al público como museo el 10 de diciembre de 1987.
Como consecuencia del sismo del 15 de junio de 1999, el inmueble sufrió graves daños y tuvo que cerrar para ser restaurado durante siete años. El museo reabrió sus puertas el 4 de octubre del 2006.
En el primer piso hay 13 salas en las que se exhiben instrumentos musicales, aparatos científicos, y animales disecados que formaron parte de los gabinetes de Historia Natural, Física y Química del Colegio del Estado, ahora BUAP.
En el segundo piso se encuentran 16 salas en las que se exhibe el acervo pictórico que data del siglo XVII al XXI.
Se ubica en la calle 2 Norte número 2, en el Centro Histórico de la ciudad de Puebla.
El Museo de la Memoria Histórica Universitaria fue creado con el fin de conservar y exponer el acervo histórico que se ha generado por el trabajo realizado dentro de la universidad a través de los años.
En sus galerías se exhiben objetos, documentos y vídeos que muestran las etapas más importantes vividas por la BUAP, que permiten conocer cómo esta se relaciona y se transforma en punto de desarrollo en la sociedad.
Sus instalaciones se ubican en la calle 3 Oriente número 1008, esquina con el Bulevar 5 de Mayo, en el Centro Histórico de la ciudad de Puebla.
Sin embargo, la BUAP también cuenta con el Museo Industrial Metepec (MIM) que es un referente en el estudio del patrimonio industrial.
Representa una nueva propuesta museográfica, que busca además de exponer la historia de la fábrica textil, a través de la exposición de objetos y otros recursos artísticos y estéticos, proyectar en algunas de sus áreas las difíciles condiciones laborales y de explotación que enfrentaron los obreros de la época.
Auspiciado por el Departamento de Investigaciones Históricas del Movimiento Obrero (DIHMO), dependiente de la Vicerrectoría de Investigación y Estudios de Posgrado de la BUAP, es el único museo universitario de la industria textil en la región Puebla-Tlaxcala en estas condiciones, que conserva parte de los objetos de la fábrica y que cuenta con una sala de exposiciones temporales y un valioso acervo documental integrado en su Archivo Histórico.
Se ubica en la avenida de la Compañía sin número, en Metepec, en el municipio de Atlixco.