Aunque en Puebla la mayor parte de las universidades están en la capital y los municipios metropolitanos, hay otros como Zacapoaxtla que también cuentan con espacios para la educación superior.
De acuerdo con la Secretaría de Educación Pública (SEP) y su plataforma de Reconocimiento de Validez Oficial (RVOE) son tres las instituciones con programas vigentes.
Uno de ellos es el instituto privado Centro Educativo Regional Apaxtepec que se encuentra en la colonia Centro de ese municipio serrano.
Las licenciaturas que tienen permisos actualmente son la de Gastronomía y la de Deporte, Actividad Física y Recreativa; mientras que a nivel de maestría tienen Dirección y Gestión Educativa, así como Actividad Física y Deporte.
El Instituto de Estudios Superiores de la Sierra también es privado, está en la zona centro y tiene las licenciaturas de Contaduría Pública, Médico Veterinario y Zootecnista, Enfermería y Obstetricia, así como Derecho.
Una universidad privada más es el Instituto Universitario Karl Friedrich Benz, que ofrece la Ingeniería Mecánica Automotriz.
Aunque la SEP y los registros no mencionan a la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP) en la lista de Zacapoaxtla, pues esta tiene sus programas a nivel estatal, sí tienen oferta educativa en el municipio.
Ahí hay un campus del Complejo Regional Nororiental que ofrece las licenciaturas en Administración de Empresas y Contaduría Pública.
