Aunque desde 1579 comenzaron las clases en un edificio adaptado con apenas 20 estudiantes y en manos de los jesuitas, quienes fueron expulsados en 1767, fue hasta el 14 de abril de 1937 que quedó legalmente instituida la Universidad de Puebla, a iniciativa del gobernador Maximino Ávila Camacho.
De acuerdo con el archivo histórico de la propia casa de estudios, el 14 de abril de ese año, el Congreso del Estado decretó la creación de la Universidad y facultó al Ejecutivo para dictar las leyes pertinentes.
Posteriormente, el 23 de abril se expidió la Ley Orgánica de la Universidad de Puebla y se nombró primer rector de la institución autónoma al licenciado Manuel L. Márquez para el periodo de 1937 a 1938.
A raíz de ese primer administrador, tuvieron que pasar 32 rectores hombres más para que este 2021 una mujer se convirtiera en la primera autoridad de lo que ahora se conoce como Benemérita Universidad Autónoma de Puebla (BUAP).
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Después de Márquez, llegó al cargo Alfonso G. Alarcón, de 1938 a 1941; le siguió Raymundo Ruiz Rosete, de 1941 a 1943; posteriormente fue Roberto Larragoiti Howard, de 1943 a 1946; más tarde fue Horacio Labastida Muñoz, de 1947 a 1951; continuó Armando Vergara Soto de 1951 a 1952.
Luego la rectoría pasó a José Guillermo Borja Osorno, de 1952 a 1953; seguido de Gonzalo Bautista O'Farrill, de 1953 a 1954; después Rafael Artasánchez Romero, de 1954 a 1956; prosiguió Manuel S. Santillana Márquez, de 1956 a 1959; así como Armando Guerra Fernández, de 1960 a 1961;
Hay quienes estuvieron en el cargo poco tiempo como Julio Glockner Lozada en 1961; Arturo Fernández Aguirre en 1962; Amado Camarillo Sánchez en 1962; Alberto Guerrero Covarruvias en 1962; Ignacio Flores Rojas en 1971; Martín Carbajal Caro en 1971, y Eduardo Jean Pandal en 1990.
Con el paso del tiempo le siguieron Manuel Lara y Parra, de 1963 a 1965; José F. Garibay Ávalos, de 1965 a 1967.
También hubo una Junta Administrativa, que englobó a varios rectores de 1968 a 1971: Rolando Revilla Ibarra, Joaquín Sánchez McGregor, Antonio Osorio García, y Amado Camarillo Sánchez.
Para el periodo 1971 a 1975 estuvo Sergio Flores Suárez; luego Luis Rivera Terrazas de 1975 a 1981; ya para 1981 a 1987 Alfonso Vélez Pliego; siguió Samuel Malpica Uribe, de 1987 a 1989; Juvencio Monroy Ponce, de 1989 a 1990; José Doger Corte de 1990 a 1997; Enrique Doger, de 1997 a 2004; Enrique Agüera Ibáñez, de 2004 a 2013; José Alfonso Esparza Ortiz, de 2014 a 2021.
Y en este 2021, después de toda esta cantidad de hombres y periodos que estuvieron al frente de la BUAP, logró Lilia Cedillo Martínez convertirse en la primera mujer rectora de la máxima casa de estudios en la entidad para un ciclo comprendido del 2021 al 2025.